Evaluación In Silico del potencial inhibitorio de una colección de flavonoides frente a la enzima Shikimato Quinasa de Mycobacterium Tuberculosis

Abstract

El objetivo de este estudio fue evaluar el potencial inhibitorio de flavonoides de la base de datos LIPID MAPS frente a la enzima shikimato quinasa de Mycobacterium tuberculosis. Se utilizaron técnicas in silico, como la predicción de propiedades ADMET mediante el servidor ADMETLab 2.0 y el cálculo de energías libres de unión (ΔG) e interacciones moleculares evaluados a través de acoplamiento molecular. Los flavonoides en formato SMILES, obtenidos de LIPID MAPS, fueron evaluados con el servidor ADMETLab 2.0. Tras analizar parámetros ADMET y criterios de semejanza a fármacos, se filtraron las moléculas que no cumplían con los criterios establecidos, seleccionando 29 flavonoides. Las estructuras tridimensionales de estos flavonoides se descargaron de PubChem, y la estructura de la shikimato quinasa del Protein Data Bank. El protocolo de acoplamiento molecular se validó mediante el re-acoplamiento del ligando nativo en la enzima, obteniendo resultados favorables. Luego, los flavonoides se acoplaron utilizando Glide, y las energías libres de unión se calcularon con Prime. Con el módulo Ligand Interaction Diagram, se determinaron y cuantificaron las interacciones moleculares de cada flavonoide con los aminoácidos clave de la enzima, clasificándolos en grupos de alto y bajo potencial inhibitorio. Respecto a los resultados, evaluamos 6567 flavonoides según criterios de semejanza a fármacos, filtrando solo 29 que cumplieron con los parámetros ADMET, y posteriormente 25 flavonoides superaron la energía libre de unión del shikimato. El (3S)-3',7-dihidroxi-2',4',5',8- tetrametoxiisoflavano mostró la mayor afinidad (ΔG = –41.46 kcal/mol). Se identificaron 115 interacciones moleculares en total, la mayoría puentes de hidrógeno (81.7%), con 107 interacciones clave con aminoácidos importantes de la enzima…