Validación de una semi-nested multiplex PCR para el diagnóstico de la Covid-19 producida por Sars-CoV-2 en la región del Cusco

Abstract

La presente tesis se encuentra dentro del marco del proyecto “Estudio de genomas de SARS-CoV-2 y su aplicación para el diseño de nuevos sistemas de diagnóstico aplicados a la región de Cusco” concedido a través del Convenio Nº 007-2020-UNSAAC. En el presente trabajo se realizó la estandarización y validación de una SEMI-NESTED MULTIPLEX PCR para el diagnóstico de COVID-19 en la región del Cusco, para este propósito se seleccionó un conjunto de cebadores dirigidos a los genes de la envoltura (E) y la nucleocápside (N) de SARS CoV-2; adicionalmente se diseñó 2 cebadores dirigidos al gen (E) utilizando la herramienta bioinformática primer3plus, los cebadores diseñados y seleccionados se analizaron utilizando la herramienta bioinformática oligoanalyzer, la estandarización de la SEMI-NESTED MULTIPLEX PCR se realizó utilizando una muestra de ARN sintético de SARS CoV-2 y una muestra positiva para COVID-19. Posteriormente se realizó la validación de la SEMI-NESTED MULTIPLEX PCR analizando 152 muestras (39 positivas y 113 negativas), los valores de sensibilidad, especificidad, valor predictivo positivo (VPP) y valor predictivo negativo (VPN) se calcularon comparando los resultados de la SEMI-NESTED MULTIPLEX PCR con la prueba estándar de oro RT-qPCR, la concordancia entre la SEMI-NESTED MULTIPLEX PCR y la RT-qPCR se determinó calculando el coeficiente de kappa. Se consiguió estandarizar y validar una SEMI-NESTED MULTIPLEX PCR que amplifique con éxito regiones de los genes E y N de SARS CoV-2 como una alternativa para el diagnóstico de la COVID-19 en la región del Cusco.